SD Muhammadiyah Sapen menambah referensi guru yang berpredikat Magister sekira 6 orang pada tahun ajaran 2018/2019. Keenam guru tersebut merupakan alumni dari Universitas Negeri Yogyakarta, UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, dan Universitas Muhammadiyah Yogyakarta.
Keenam guru tersebut, empat orang guru merupakan alumni dari program pascasarjana magister pendidikan sekolah dasar hasil dari kerjasama antara Program Pascasarjana Program Pendidikan Guru Sekolah Dasar Universitas Negeri Yogyakarta dan SD Muhammadiyah Sapen, satu orang alumni Program Pendidikan Studi Islam Universitas Muhammadiyah Yogyakarta, dan satu orang adalah pustakawati SD Muhammadiyah Sapen.
Mereka yang berpredikat magister di antaranya : Estin Farida, S.Si., M.Pd., Irawan, S.S., M.Pd., Rita Indriyanti, S.P., M.Pd., Kardiyo, M.Pd., Linda Widyanti, S.Ag., M.S.I., dan seorang pustakawati Anna Nurhayati, S.I.Perpust., M.A. alumni sekolah Pascasarjana Program Perpustakaan UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta.