SD Muhammadiyah Sapen, mulai tahun pelajaran 2009/2010 membuka kelas Rintisan
Sekolah Bertaraf International (RSBI) dan menjadi salah satu sekolah dasar di
Daerah Istimewa Yogyakarta yang mendapat kepercayaan dan dukungan dari Dirjen
Pendidikan Nasional.
Proses Belajar Mengajar dilakukan dengan menggunakan bilingual. dengan demikian
siswa akan mengenal bahasa asing di samping mempelajari bahasa indonesia.
Kurikulum yang dipergunakan adalah Kurikulum Nasional Plus dengan penekanan pada
bidang studi IPA, Matematika, Bahasa Inggris, ICT, Pendidikan Teknologi Dasar,
Seni Budaya. Program ini dimulai sejak kelas 1 dengan jumlah siswa sebanyak 28
siswa