Pembelajaran di SD Muhammadiyah Sapen Yogyakarta selalu menyeimbangkan tiga ranah
pendidikan yaitu, kognisi, afeksi, dan psiomotor. Guna pembelajaran afeksi terutama
penanaman keislaman kepada para sisw maka SD Muhammadiyah Sapen dilengkapi dengan
sebuah masjid. Masjid ini diberi nama Safinatunnajah. masjid berkapasitas 700
orang ini selain digunakan untuk kegiatan beribadah dan pembelajaran keagamaan,
juga digunakan sebagai masjid jami'. kegiatan seperti sholat Dhuha, Sholat Dhuhur
berjamaah, Sholat Jumat, dan kegiatan pembiasaan beribadah selalu dilakukan di
sini.