Bahasa asing merupakan dasar bagi pengembangan keilmuan. Ia merupakan kunci pembuka
ilmu pengetahuan bagi anak didik. Sadar akan hal itu, maka pengajaran bahasa asing
sangat ditekankan di SD Muhammadiyah Sapen Yogyakarta. Pengajaran bahasa Arab
pada tahun 1994 mulai diberlakukan mulai kelas empat dan bahasa Inggris pada tahun
1985 mulai diajarkan sejak kelas satu sekolah dasar.