Di dalam ekstrakurikuler ini dijaring bakat-bakat siswa di bidang mata pelajaran,
keagamaan, seni, siswa teladan. Penjaringan ini dilakukan sejak kelas IV dengan
cara tes khusus yang meliputi tes pengamatan proses, tes tertulis, tes wawancara.
Siswa yang terseleksi selanjutnya akan mengikuti pembinaan khusus yang intensif.
Oleh guru-guru atau pelatih yang memiliki kompetensi di bidangnya. Ekstrakurikuler
bakat ini merupakan tim inti dari sekolah apabila ada perlombaan dalam bidang
yang terkait.
Ekstrakurikuler bakat di SD Muhammadiyah Sapen Yogyakarta meliputi
a. Mata pelajaran
1. bakat Olimpiade Matematika.
2. bakat Olimpiade Sains.
3. bakat Bahasa Indonesia.
4. bakat Bahasa Inggris.
5. bakat Sains, PKPS, Matematika.
Pembinaan bakat siswa teladan meliputi pembinaan kemampuan akademik, pembinaan
kemampuan seni, pembinaan kemampuan bahasa, pembinaan kemampuan ketrampilan, dan
pembinaan kemampuan sikap.
e. Pasukan inti
Pasukan inti merupakan komponen dari kepanduan HIsbul Wathon. Pasukan ini dipilih
berdasarkan kemampuan fisik dan intelegensi. Dipersiapkan untuk kegiatan-kegiatan
yang berhubungan dengan kepanduan Hisbul Wathon.