SD Muhammadiyah Sapen berdiri pada tahun 1 Agustus 1967. Tidak seperti sekolah-sekolah
swasta sekarang yang didirikan dengan modal besar oleh pemilik atau yayasannya,
SD Muhammadiyah Sapen didirikan dengan modal niat, semangat, dan keihlasan oleh
para pendirinya. Diantara para tokoh yang memprakarsai berdirinya SD Muhammadiyah
Sapen adalah H. Sutrisno, Drs. Marsum, M.M., Sumarno, Djazari Hisyam, S.H., Drs.
Kirmadji, dan tokoh sekitar kampung Sapen yang peduli dengan pendidikan.
Proses berdirinya SD Muhammadiyah Sapen sempat ditanggapi pesimis oleh warga
sekitar. Perasaan pesimis itu muncul karena saat itu sama sekali tidak ada dana
untuk membangun gedung dan biaya operasional sekolah sehingga SD Muhammadiyah
Sapen hanya menempati mushalla berukuran 3 X 4 M kemudian berpindah ke sebuah
balai RK yang sebenarnya tidak layak untuk dijadikan tempat belajar.
Ruangannya berukuran 6 X 6 M. Semua dindingnya terbuat dari gedhek yang sudah
rapuh, berlubang, dan penuh tiang penyangga agar tidak roboh. Genap sudah status
SD Muhammadiyah Sapen saat itu sebagai sekolah terjelek di Daerah Istimewa Yogyakarta.
Melihat kondisi semacam itu Sumarno, salah seorang pemrakarsa berdirinya SD Muhammadiyah
Sapen, merasa terpanggil untuk mewakafkan tanahnya seluas 1000 m. Pembangunan
gedung pun dimulai pada tahun 1971 dengan terbentuknya panitia pembangunan yang
diketuai oleh Prof. Dr. H.A. Mukti Ali, MA. Pembangunan ini berlanjut dengan adanya
bantuan dari Prof.Dr. Amin Rais berupa tanah seluas 400 m2. kemudian disusul sumbangan
dari Menteri Pendidikan dan Kebudayaan saat itu yaitu Prof Dr. Wardiman Joyonegoro
sehingga terwujudlah bangunan gedung lama. Pada tahun 2000 SD Muhammadiyah Sapen
berhasil membebaskan tanah seluas 1800 m2 dan dibangun gedung hingga berwujud
seperti sekarang ini.
Bersamaan dengan proses pembangunan tersebut SD Muhammadiyah Sapen mulai berbenah.
Setapak demi setapak mencoba memperbaiki diri dan mencari kiat-kiat untuk menjadi
sekolah yang berkualitas.
" Pelan tapi pasti, mimpi dan keyakinan itu terbukti. Seiring dengan prestasi
yang diraih, SD Muhammadiyah Sapen mulai mendapat kepercayaan dari masyarakat.
Mulai tahun ajaran 1991/ 1992 SD Muhammadiyah Sapen selalu meraih nilai rata-rata
NEM tertinggi se propinsi DIY, bahkan tingkat nasional. Prestasi non-akademis
pun demikian, berbagai tropi kejuaraan tingkat nasional, bahkan internasional
diraih.
SD Muhammadiyah Sapen mulai dikenal, tidak hanya di wilayah Yogyakarta, tetapi
juga membahana ke seantero Indonesia. Dari siswa yang dahulu hanya berjumlah 5
orang kini seiring dengan peningkatan kualitas dan kepercayaan masyarakat jumlah
seluruh siswa telah mencapai 2400 siswa.